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產品時間：2022-11-28
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CUTANATM ChIC/Cut & Run Kit 895.00 SKU: 14-1048包裝: 48個反應
CUTANATM ChIC/CUT & RUN 試劑盒能夠簡化組蛋白翻譯后修飾(PTM)和染色質相關蛋白的染色質分析，同時通過多通道移液提供增加的吞吐量和可重復性
包括陽性(H3K4me3)和陰性(IgG)對照抗體與 SNAP-CUTANATM 加入對照配對以進行測定優化和連續監測(圖2)。包括用于數據標準化的大腸桿菌 DNA。該試劑盒適用于各種輸入，包括來自天然、低溫保存或交聯樣品的細胞或細胞核。雖然建議從500,000個單元格開始，但是只需要5000個單元格就可以生成可比較的數據。包括對照和與不同的目標類型，樣品輸入和低細胞數量的兼容性使這個試劑盒成為染色質定位實驗的選解決方案。如需大量訂購，請聯系
試劑盒內容試劑盒包含緩沖液，酶，磁珠，對照抗體，穗對照，8條管，和自旋柱必要的準備和純化 CUT & RUN DNA 從細胞或細胞核開始。有關協議所需的其他材料和設備，請參閱工具包手冊。儲存和穩定性立即打開試劑盒，并在室溫，4 °C 和 -20 °C 下儲存組件，如所示(見試劑盒手冊的完整說明)。自收貨之日起6個月內保持穩定。完整說明請參閱工具包手冊。
Catalog No 14-1048
Lot No 22003004-81
包裝尺寸48反應
產品描述: CUTANATM ChIC/CUT & RUN 試劑盒能夠對組蛋白翻譯后修飾(PTMs)和染色質相關蛋白進行流線型染色質分析，同時通過多通道移液提高通量和重復性。包括陽性(H3K4me3)和陰性(IgG)對照抗體與 SNAP-CUTANATM 尖峰對照配對用于測定優化和連續監測(圖2)。包括大腸桿菌 DNA 用于數據標準化。該試劑盒適用于各種輸入，包括來自天然、低溫保存或交聯樣品的細胞或細胞核。雖然建議從500,000個單元格開始，但可比數據只需要5000個單元格即可生成。對照的包含，以及與不同的目標類型，樣品輸入和低細胞數量的兼容性，使得這個試劑盒成為染色質定位實驗的選解決方案。
試劑盒內容: 試劑盒含有緩沖液，酶，磁珠，對照抗體，穗在對照，8條管，和紡錘體必要的制備和純化 CUT & RUN DNA 從細胞或細胞核開始。有關所需的其他材料和設備，請參閱與套件版本3相對應的用戶手冊。
儲存和穩定性: 立即打開試劑盒，并按照指示在室溫，4 °C 和 -20 °C 下儲存組件(參見與試劑盒版本3相對應的用戶手冊)。自收貨之日起6個月內保持穩定。
使用說明: 請參閱與工具包版本3對應的用戶手冊。此工具包與以前的用戶手冊不兼容。
圖1: CUT & RUN DNA 片段大小分布分析。使用 CUTANATM ChIC/CUT & RUNK 從500,000個 K-562細胞開始進行 CUT & RUN。使用從 IgG (13-0042k)和 H3K4me3(13-0041k)試劑盒對照抗體分離的 CUT & RUN DNA 制備配對末端 Illumina 測序文庫。文庫 DNA 采用安捷倫錄音分析法進行分析。該分析證實單核小體在 CUT & RUN 中主要富集(? 300bp 峰代表150bp 核小體 + 測序銜接子)。
圖2: SNAP-CUTANATM K-MetStat Spike-in 控件。代表16種不同的 K- 甲基 PTM 狀態: H3K4，H3K9，H3K27，H3K36和 H4K20處的單甲基化，二甲基化和三甲基化的 DNA 條形碼設計核小體(dNucs)以及未修飾的對照，在添加用試劑盒提供的對照抗體(IgG，H3K4me3)之前加入 CUT & RUN 樣品。使用加入產品頁面上提供的 shell 腳本和分析 excel 表，從 rawfastq 文件中計數和標準化每個加入條形碼的實例，顯示了 IgG (頂部，標準化為總讀數的總和)和 H3K4me3(底部，標準化為目標)抗體與該試劑盒一起提供。刺激因子證實了最佳的實驗條件(H3K4me3抗體特異性地回收了目標 dNuc，而 IgG 沒有顯示出優先富集)。
圖3: CUT & RUN 全基因組熱圖。使用具有500,000個 K-562細胞的 CUTANATM ChIC/CUT & RUN 試劑盒生成 CUT & RUN 數據。在熱圖中顯示了 IgG (左)和 H3K4me3(右)試劑盒對照抗體的兩個重復(“ Rep")。對于18,793個基因，提供了與轉錄起始位點(TSS，+/-2kb)對齊的 CUT & RUN 信號(來自9-2500萬個配對末端讀數)。高信號和低信號按照強度排序(從上到下) ，并分別用紅色和藍色反射。每個熱圖中的基因行相對于 H3K4me3 Rep 1從高信號到低信號進行排序，證明了試劑盒工作流程的可重復性。
圖4: 代表性的基因瀏覽器軌跡。CUT & RUN 數據生成如圖3所示。對于 IgG 和 H3K4me3試劑盒對照抗體的兩個重復(“ Rep") ，在 TRMT2A 基因上顯示了一個代表性的161kbwindow。H3K27me3(AbClonal A16199)和轉錄因子 CTCF (EpiCypher 13-2014)的抗體也顯示了代表性的蹤跡。CUT & RUN 試劑盒為每個目標產生了預期的基因組分布。使用 Integrative GenomicsViewer (IGV，Broad Institute)生成圖像。
使用核酸酶(CUT & RUN)進行目標下切割和釋放是由 Steven Henikoff1博士小組開發的一種革命性的基因組定位策略。它從 Ulrich Laemmli2博士構建染色質免疫切割(ChIC) ，其中蛋白 A 與微球菌核酸酶(pA-MNase)的融合被募集到原位選擇性切割抗體結合的染色質3。在 CUT & RUN 中，細胞或細胞核被固定在固體支持物上，從溶液中分離出 pAG-MNase 切割的 DNA 片段。該工作流程與下一代測序(NGS)兼容，以提供組蛋白翻譯后修飾(PTM)和染色質相關蛋白(例如 TFs 和染色質重塑者; 圖1)的高質量全基因組概況。
從歷上看，ChIP-seq 是組蛋白 PTM 和染色質相關蛋白全基因組定位的主要方法。在這種方法中，大量染色質被超聲波或酶消化破碎。然后免疫沉淀靶標特異性片段。盡管有廣泛的優化和嚴格的洗滌條件，ChIP-seq 需要大量的細胞(通常是105-106個細胞)和輸入染色質和免疫沉淀物質(通常每個 > 3000萬讀數)的深度測序來解析來自背景的信號。 ChIC 和 CUT & RUN 通過使基因組片段靶向釋放到溶液中來革命性地研究染色質調節。通過這種創新，背景顯著減少，允許使用少量細胞和每個反應只有300-800萬測序讀數的組蛋白 PTM 和染色質相關蛋白的高分辨率基因組作圖(圖2)。精簡的工作流程和節省的成本使得 ChIC/CUT & RUN 適合更大的實驗吞吐量，允許更深入和更快速的調查發現表觀遺傳生物學。
圖2代表性的基因組瀏覽器軌跡顯示了使用500,000個 K562細胞的 CUTANATM CUT & RUN 結果。對于各種表觀遺傳靶標，包括組蛋白 PTM (H3K4me3，H3K27me3，H3K27ac) ，轉錄因子(CTCF) ，表觀遺傳閱讀蛋白(BRD4) ，使用每個反應的300-800萬個測序讀數觀察到具有預期分布特征的清晰峰，編寫酶(MLL1)和染色質重塑劑(SMARCA4)。兔 IgG 抗體顯示為陰性對照(上圖)。[0-301][0-301][0-418][0-926][0-180][0-332][0-95] IgGH3K4me3H3K27me3H3K27acCTCFBRD4MLLSMARCA4Fig 2TAL1 STIL CMPK1 LINC01389 FOXD2背景和描述7CUTANATM ChIC/CUT & RUN 試劑盒包含用于48種反應的材料，設計用于多通道移液，以實現 CUT & RUN 增加的吞吐量優勢。該試劑盒包括陽性(H3K4me3)和陰性(兔 IgG)對照抗體以及 SNAP-CUTANATM K-MetStat 小組(攜帶廣泛研究的賴氨酸甲基化 PTM 的16個 DNA 條形碼設計者核小體)的等分試樣。K-MetStat 面板被加入到控制反應中，直接監控實驗的成功并幫助故障排除。此外，剪切的大腸桿菌 DNA 被加入到 pAG-MNase 切割后的所有反應中，以控制文庫的制備并使 NGS 標準化成為可能。該試劑盒與細胞和細胞核兼容，包括低溫保存和交聯樣品(圖3)。雖然建議從500,000個單元格開始，但是只需要5,000個單元格就可以產生可比較的數據(圖4)。包括嚴格的控制，以及與不同的目標類型，樣本輸入和細胞數量的兼容性使試劑盒理想的各種研究應用。
圖3H3K4me3富集區域側翼注釋轉錄起始位點(TSS，+/-2kb)的 CUT & RUN 信號(紅色)和背景(藍色)的熱圖。基因行在整個條件下排列，表明樣品類型保留了全基因組富集模式。
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